Pura Kahyangan Tiga disebutkan dalam sejarahnya, pada abad ke-10 masehi merupakan awal konsep pura Tri Kahyangan (Pura Kahyangan Tiga) di Bali atas kesepakatan pertemuan besar antar berbagai sekte Hindu di Bali dengan mediator pemerintah yang berkuasa di Bali pada waktu itu.
Pertemuan ini dilaksanakan di Pura Samuan Tiga yang menyepakati penyudahan konflik antar sekte Hindu di Bali dan menjadi awal konsep pura Tri Kahyangan di Bali, serta penerimaan konsep Tri Murti (Tiga Dewa Utama).
Saat ini pura kahyangan tiga terdapat di setiap desa adat pekraman di Bali, pura ini juga merupakan konsep sosial religius Tri Murti Tatwa yang dicetuskan sebagai tempat suci untuk memuja tiga dewa yang disebut sebagai Tri Murti yang dicetuskan dalam sebuah pesamuan (pertemuan) di yang diikuti perwakilan sekte-sekte dan kelompok masyarakat Bali yang saat itu dipimpin Mpu Kuturan. Di daerah Pejeng tepatnya di Pura Samuan Tiga. Adapun Pura Kahyangan Tiga tersebut terdiri dari :
- Pura Desa, pemujaan Dewa Brahma
- Pura Puseh, pemujaan Dewa Wisnu
- Pura Dalem, pemujaan Dewa Siwa
Konsep itu juga terkait dengan pedoman dari ajaran Tri Hita Karana sebagai landasan yang berkembang dalam masyarakat Hindu di Bali. Dan berkat pendekatan, pemikiran dan usaha yang dilakukan Mpu Kuturan tersebut, sekte-sekte dalam masyarakat Bali itu berhasil lebur dan menyatu (manunggal). Sedangkan jika Pura Desa dan Pura Puseh apabila digabung dalam satu pelebahan (areal) Pura sebagaimana disebutkan dalam kutipan artikel esensi & konsepsi pura sebagai tempat suci di bali oleh : Ida Bagus Gede Wiyana, jajaran kedua pelinggih tersebut dijelaskan sama – sama terletak di hulu dan padmasana hanya dibangun satu buah sedangkan pelinggih lainnya disebutkan sebagai berikut :
- Gedong Linggih Sthana Dewa Brahma
- Linggih Sthana Ratu Ketut Petung
- Linggih Sthana Sedahan Penglurah
- Padmasana Linggih Sthana Ida Sang Hyang Widhi
- Linggih Sthana Dewi Danuh
- Linggih Sthana Tepas Ratu Gede Mecaling
- Meru Linggih Sthana Dewa Wisnu (sekurang-kurangnya meru tumpang tiga)
- Linggih Sthana Ratu Made Jelawung
- Linggih Sthana Ibu Pertiwi (Naga Ananta Bhoga)
- Gedong Bebaturan (Panghulun Bale Agung) Lingga Sthana Dewi Sri Rambut Sedana (Melanting)
- Bale Agung Linggih Sthana Bhagawan Penyarikan / Dewi Bhagawati.